Raphael Alpermann gehört der Akademie für Alte Musik Berlin seit ihrer Gründung 1982 an und ist Mitglied der Berliner Barocksolisten. In vielen Konzerten dieser Ensembles stand er als Solist auf der Bühne. 1995 debütierte er unter Leitung von Claudio Abbado bei den Berliner Philharmonikern mit einem Konzert von J. S. Bach und spielte in der Folge u. a. unter Sir Simon Rattle, Seiji Ozawa und Nikolaus Harnoncourt. Tourneen auf fünf Kontinenten und weit über 100, zum Teil mit namhaften Preisen ausgezeichnete CD-Einspielungen, zeugen von seinem Können. Er dirigierte Monteverdis Poppea, führte große oratorische Werke auf, darunter ein eigens für das Leipziger Bachfest 2013 zusammengestelltes Christus-Oratorium. 2010 gründete er in Berlin eine eigene Konzertreihe, in deren Mittelpunkt die Kantaten von J. S. Bach stehen.